Using ffmpeg to create looping apng – Stack Overflow より、アニメGIF なら loop でループできるのに APNG ではこのオプションではループできないので plays オプションを使う。このオプションはループ回数を指定する。ただし -1 を指定して無限ループは出来ないので大きい値を指定する。0 を指定すれば無限ループになる。

ss で開始秒、t で動画時間を指定する
ffmpeg -ss 10 -i input.mp4 -plays 10 -t 1 -vf setpts=PTS-STARTPTS output.apng

無限ループで出力フレーム数(vframes)を指定する
ffmpeg -ss 10 -i input.mp4 -plays 0 -vframes 10 -vf setpts=PTS-STARTPTS output.apng

ちなみにフレームレートを変えるなら fps フィルタを使う。
ffmpeg -ss 10 -i input.mp4 -plays 10 -t 1 -vf fps=10,setpts=PTS-STARTPTS output.apng

逆に読み込み時に無限ループする。
ffmpeg -ignore_loop 0 -i input.apng -t 10 -pix_fmt yuv420p output.mp4

公式ドキュメント:ffmpeg Documentation : apng

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