reverse, areverse フィルタを使って逆再生にエンコードする。

基本コマンド

ffmpeg -i input -vf reverse;areverse output

最初は普通再生で次に逆再生をつなげる
ffmpeg -i input -filter_complex "[0:v]reverse,fifo[r];[0:a]areverse,afifo[ar];[0:v][0:a][r][ar]concat=n=2:v=1:a=1 [v] [a]" -map "[v]" -map "[a]" output

動画の途中から逆再生にする場合は時間指定してあらかじめコピー出力する
ffmpeg -ss [start_sec] -i input -t [duration] -c copy output

【ffmpeg】動画・音声を連結する concat の使い方

追記
trim フィルタを使うと PTS がおかしくなるので予め動画をカットするように文章を直した。2018年2月21日

公式ドキュメント

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