encoding – How can I setup PIDs using ffmpeg & MP4 Container? – Stack Overflowより。
-streamidを指定して、かつ-use_stream_ids_as_track_ids trueを併用する。内容はMediainfoで確認できる。
ffmpeg -i input.ts -map 0:v -map 0:a:0 -map 0:a:1 -streamid 0:0x100 -streamid 1:0x110 -streamid 2:0x111 -use_stream_ids_as_track_ids true output.mp4